MRSM Pendang telah mula beroperasi pada 16 April 2001, dengan pengambilan pelajar perintis seramai 476 orang yang terdiri daripada 281 pelajar tingkatan 4 dan 195 pelajar tingkatan 1, dengan bilangan tenaga pengajar perintis seramai 34 orang dan staf sokongan yang lain. Pengetua pertama MRSM Pendang ialah Tuan Haji Zakaria Bin Mohd Noor.
Terdapat 4 buah makmal komputer iaitu:
1. Dua buah makmal komputer untuk pengajaran subjek Sains Komputer - dibawah pengawasan dua orang guru Sains Komputer.
2. Sebuah Makmal Bitara - dibawah pengawasan Pentadbir Sistem, En. Baharudddin
3. Sebuah Makmal Multimedia - di bawah pengawasan Pegawai Pusat Sumber Pembelajaran
Makmal Bitara & Makmal Multimedia untuk kegunaan bagi subjek selain Sains Komputer dan kemudahan bagi pelajar mengakses maklumat dan penyediaan kerja kursus dan folio.
Pada peringkat awalnya penubuhannya, maktab menerima 62 buah PC jenama Acer Pentium 3 dengan dengan Windows 98. Hanya selepas 3 tahun, komputer lama digantikan dengan komputer baru jenama Acer Pentium 5, dengan Windows 7.